Konferenz «Intelligent Systems for Molecular Biology 2017» in Prag
Die Konferenz «Intelligent Systems for Molecular Biology» (ISMB) ist das grösste jährliche Forum für Bioinformatik und IT, die mit den Lebenswissenschaften verbunden ist. Sie wird jedes zweite Jahr in Europa abgehalten und ist mit der «European Conference on Computational Biology» (ECCB) verbunden. Veranstaltungsort der diesjährigen ISMB/ECCB war Prag. Über 2000 Teilnehmende strömten vom 21. bis zum 25. Juli in das Prager Konferenzzentrum in der Nähe der Burg Wyschehrad.
Insbesondere seitdem das Next-Generation Sequencing (NGS) eine etablierte Technologie ist (also seit etwa 2010) hat die Life-Sciences-Community einen grossen Bedarf für neue IT-Lösungen. Gleiches gilt für den Bereich der Proteomik, da die Massenspektrometrie begann, grosse Datensätze zur Proteinquantifizierung zu erzeugen. Die ISMB spielt eine wichtige Rolle bei der Präsentation neuer Ideen zu Algorithmen und Infrastrukturen zur Unterstützung von Molekularbiologie und Medizin. Der Bereich ist so stark gewachsen, dass die Präsentationen in der Regel in acht parallellaufenden Themensitzungen stattfanden. Teilnehmende haben zudem ihre wissenschaftliche und technologische Arbeit mit über 500 Postern präsentiert. Darüber hinaus fanden auch eine Reihe von «Satellitenworkshops» sowie mehr oder weniger formalisierte Sitzungen statt.
NGS und quantitative Proteomik sind zwar die bedeutendsten Faktoren für den informatischen Teil der Lebenswissenschaften, doch umfasst er noch weitere, sich schnell entwickelnde Aspekte, die meist mit neuen Technologien und Anwendungsbereichen verbunden sind. Die heissen Themen der diesjährigen ISMB/ECCB waren definitiv Anwendungen in den Bereichen Einzelzell-Sequenzierung und personalisierte Medizin. Doch gab es auch in klassischeren Bereichen der Bioinformatik hochinteressante Vorträge: So zum Beispiel zu Metagenomik (gleichzeitige Sequenzierung vieler Mikroorganismen), Analyse des alternativen Spleissens, Regulation der RNA-Expression, Bioinformatik-Datenbanken oder skalierbarer Verarbeitung umfangreicher Genomik-Daten, um nur einige zu nennen.
Forschende der ETH Zürich waren an der ISMB-Konferenz stark vertreten, insbesondere aus Gruppen, die eng mit den Scientific IT Services der ID zusammenarbeiten. Um nur einige zu nennen: Zahra Karimaddini vom Iber-Labor (D-BSSE) hielt eine Präsentation zu den Ergebnissen des NeuroStemX-Projekts; Mitglieder des Rätsch-Labors von D-INFK hielten zwei längere Vorträge in der HitSeq-Serie über NGS-Algorithmen und Anwendungen; Jelena Čuklina vom Aebersold-Labor gewann den Research Poster Award; Michal Okoniewski, ID SIS, stellte die Arbeit von Scientific IT Services im Bereich personalisierte Medizin bei zwei der Satellitenworkshops nach der Hauptkonferenz vor, von denen einer von MSD in Prag organisiert wurde, sowie bei der «Computational Approaches in Personalized Medicine» an der Universität Wien.
Das Feedback und das Interesse nach diesen Vorträgen haben bewiesen, dass unsere Initiativen wie die Gründung des Leonhard-Clusters und die Vorbereitungsarbeiten für das Swiss Personalized Health Network in der globalen Forschungsgemeinschaft wirklich fortgeschritten und vorbildlich sind.
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Sektion ID Scientific IT Services, Informatikdienste
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