Zweite Icy Coding-Party
Icy ist eine der benutzerfreundlichsten Plattformen für Bio-Bildanalysen.
Vom 4. bis 6. Mai fand am Institut Pasteur in Paris eine «Codierungs-Party» statt (auch Hackaton genannt). Bei dieser Gelegenheit unterstützte das Icy-Team rund 20 Teilnehmende bei der Lösung ihrer spezifischen Probleme mit der Icy-Plattform. Gleichzeitig konnte Werbung für Icy gemacht werden. Zwei Mitglieder der ETH Zürich aus der ID-Abteilung Scientific IT Services (ID SIS), Piotr Kupczyk und Juan Fuentes, wurden zu der Veranstaltung eingeladen. Sie sollten einen Icy-Plug-in für die Integration von Icy mit dem an der ETH entwickelten openBIS Datenbanksystem entwickeln.
Dieses Plug-in ermöglicht Forschenden, durch die Nutzung der öffentlichen Remote-API von openBIS, mit zwei verschiedene Methoden auf die openBIS Datenbank zuzugreifen.
Als erstes geht es um Bilder-Analyse, welche in openBIS mit Icy gespeichert sind. Forschende können Dateien, welche in einer Remote-openBIS Datenbank gespeichert sind, direkt öffnen ohne die Icy Analyseumgebung zu verlassen.
Als zweites können Forschende eine Workflow-Erstellung Schnittstelle verwenden, um ihre Arbeitsabläufe zu definieren. Diese kann dann später im Batch-Modus ausgeführt werden, beispielsweise auf einem Cluster.
Die Entwicklung des Plug-ins ist nun abgeschlossen. In Kürze wird es im Icy Plug-in-Repository veröffentlicht.
Die Bilder in diesem Artikel sind Teil der Präsentation, welche während der letzten Tage der Icy Codierungs-Party stattfand. Die Präsentation wurde von dem Icy-Team aufgenommen und kann bei YouTube (3.40 bis 5.30) angeschaut werden.
Juan und Piotr mochten sich bei dem Icy-Team, Stephane Dallongeville, Alexandre Dufour und Fabrice de Chaumont herzlich bedanken. Ihre Unterstützung vor, während und nach der Veranstaltung hat sehr viel beigetragen, diese Entwicklung möglich zu machen.
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